История лицея берет свои истоки с 1909, здесь, на пересечении улиц Благовещенская и Плац-Парадный переулок (сейчас ул. Ленина, 150), располагался каменный двухэтажный дом. Здание строилось под руководством знаменитого Красноярского архитектора Владимира Соколовского для 2-го народного училища. Впоследствии Томская железная дорога (Красноярская железная дорога принадлежала Томской) выкупает здание, и на этом месте образуется железнодорожная школа №6, но вскоре ее переименовывают в образцовую школу №28.

 Во время гражданской войны 1918 года в здании Лицея располагались Артиллерийские курсы, однако в 1926 году школа №28 возвращается на прежнее место. С этого времени она занимает лидирующее место среди всех железнодорожных школ Красноярского края. Здесь обучаются дети железнодорожников не только Красноярска, но и станций других городов. 5 февраля 1936 года средней школе №28 было присвоено имя Н.А. Добролюбова, а 20 июня того же года – А. М. Горького.

 Административно-управленческий и обслуживающий персонал школы в 1940 году: директор, заведующий учебной частью, заведующий хозяйством, пионервожатый, военрук, библиотекарь, делопроизводитель-машинистка, электромонтёр, три заведующих кабинетами, 13 человек обслуживающего персонала (уборщики, гардеробщики, дворники, истопники, сторожа и швейцары). 

 Почтовый адрес школы на 1952 год: г.Красноярск, Кагановичевский (ныне Железнодорожный) район, ул. Ленина, 150. Тип школы – женская. Площадь школы - 1220 м2. В школе 10 классных комнат, три кабинета (физики, химии и биологии) и один зал, спортивной площадки нет. На 1 сентября 1952 года классов:  1-4-х классов – 8, с количеством учащихся 299;  5-7-х классов – 9, с количеством учащихся 306;  8-10-х классов – 6, с количеством учащихся 172. Всего 777 человек, из них 338 детей железнодорожников. В пришкольном интернате проживали 135 детей, однако рассчитан он был на 125.

В 2014 году МБОУ Лицей №28 был закрыт на капитальный ремонт.  В 2017 году лицеисты вернулись в родные стены своего образовательного учреждения.

С 2021 года образовательное учреждение имеет статус муниципального автономного общеобразовательного учреждения "Лицей № 28" (МАОУ Лицей № 28)

Профильная стратификация в Лицее подразумевает под собой углубленное изучение математики, информатики, физики. 

Партнеры Лицея:

Красноярский государственный педагогический университет им. В. П. Астафьева;
МКУ "Красноярский информационно -методический центр";
Муниципальный опорный центр дополнительного образования детей г. Красноярска;
Красноярский краевой дворец пионеров;
КГАОУ " Школа космонавтики"